Kada įsteigta Pernaravos pradinė mokykla, žinių nėra. Pasak, A. Biržio, pirmoji mokykla buvusi prie valsčiaus valdybos, vaikai buvo mokomi lenkiškai. Apie 1864 m. rusų valdžia įsteigė Pernaravoj valdišką mokyklą buvusiuose valsčiaus valdybos namuose, mokytojai buvo rusai, ukrainiečiai.
Be valdiškos mokyklos, kurioje buvo mokoma rusiškai, Pernaravoje, Juškevičių dvare, maždaug nuo 1883 m. veikė ir slapta mokyklėlė, kurioje, būdama paauglė, mokytojavo Jadvyga Juškytė. Ji mokė dvaro tarnus, vėliau pradėjo mokyti ir apylinkės kaimų mergaites bei kelias giminaites. Jadvyga mokė ne tik lietuvių kalbos, bet ir lenkų, rusų kalbų, literatūros, aritmetikos, istorijos, geografijos, rankdarbių.
Iš 1901 m. Pernaravos liaudies mokyklos mokytojo Michailo Padniuko ataskaitos, esančios Kauno apygardos archyve, sužinome, kad mokyklos pastatas buvo senas, nepritaikytas mokyklai: kambariai maži, langai kiauri. Žiemą mokykloje būdavo labai šalta. Viename kambaryje vaikai mokėsi, kitame gyveno ateinantys iš tolimesnių kaimų. Juos prižiūrėjo mokytojas, kuris taip pat gyveno mokykloje, jam skirtame kambaryje.
Už mokslą mokėti nereikėjo, o mokykloje gyvenantiems vaikams maisto parūpindavo jų tėvai. Mokyklai priklausė pusės hektaro žemės sklypas, išnuomotas iš grafo B. Tiškevičiaus. Prie mokyklos augo keletas vaismedžių: viena laukinė kriaušė, trys vyšnios, keturios slyvos.
Mokslo metai prasidėdavo rugsėjo mėnesį, bet visi mokiniai susirinkdavo į mokyklą tik pasibaigus rudens darbams. Pavyzdžiui, 1901 m. rugsėjo 10 d. į mokyklą atėjo tik vienas mokinys, o lapkričio 15 d. susirinko 27 berniukai, penki iš jų gyveno mokykloje.
1901 m. mokykloje dirbo du mokytojai – Panevėžio mokytojų seminariją baigęs Michailas Padniukas ir Telšių kunigų seminariją baigęs Pernaravos katalikų bažnyčios kunigas Aloyzas Šliūpavičius. Kunigas vaikus mokė tikybos, šiam dalykui dėstyti buvo skirta trylika pamokų.
Mokykloje buvo biblioteka, kurioje mokiniai gaudavo vadovėlius. Biblioteka turėjo knygų, skirtų ne tik vaikams, bet ir suaugusiems, tačiau kaimo žmonės nenoriai skaitė rusiškas knygas. Per metus iš bibliotekos buvo paimtos tik 34 knygos.
1905 m. į Pernaravą buvo paskirtas lietuvis mokytojas Simas Vaznelis. Čia jis mokytojavo ketverius metus. 1909 m. mokytojaudamas Pernaravoje S. Vaznelis kartu su Jadvyga Juškyte parengė vadovėlį “Rašybos lavinimosi darbai pradėdamomsioms mokykloms“.
Apie 1910 m. mokykloje atsiranda antras komplektas. Senieji namai tampa per maži, kadangi mokinių buvo gana daug. 1912 m. rusų valdžia pastatė naują mokyklą.
1914 m., prasidėjus karui, mokytojai buvo mobilizuoti, mokykla liko tuščia. Visas mokyklos inventorius, mokymo priemonės, biblioteka buvo sunaikinti. 1915 m. rusų kariuomenė mokykloj buvo įrengusi karo ligoninę.
1916 m. ir 1917 m. vokiečiams pradėjus organizuoti visoj Lietuvoj vokiškas mokyklas, nuo to sąjūdžio neatsiliko ir Pernarava. Vietos gyventojai davė mokyklai lentų, pagamino reikalingą inventorių. Sutvarkius mokyklą, gyventojai laukė mokytojo. Vokiečių valdžia mokytoju paskyrė Stasį Jarą, Jakšių kaimo gyventoją, rašytojos Žemaitės anūką. Mokoma buvo vokiškai ir lietuviškai. 1919 m., pradėjus kurtis Lietuvos kariuomenei, mokytojas S. Jaras įstojo į kariuomenę savanoriu. Tų pat metų rudenį Lietuvos valdžia mokytoju paskyrė Trumpą, vėliau A. Kumevičiūtę.
Nuo 1920 iki 1930 m. Pernaravoje dirbo žymi pedagogė ir visuomenininkė Jadvyga Juškytė. Ji buvo mylima mokinių ir apylinkės gyventojų. Dirbdama Pernaravoje J. Juškytė rinko etnografinę medžiagą, tautosaką, parengė ir išleido knygą „Iš Vilniaus legendų ir padavimų“.
Pokario metais Pernaravos pradžios mokykla tapo vidurine, o 1956 m. išleido ir pirmąją abiturientų laidą. 1969 m. mokykla persikėlė į naują, šviesų ir erdvų pastatą, kuriame dabar ir yra mūsų mokykla. 2001 m. Pernaravos vidurinė mokykla buvo reorganizuota į pagrindinę mokyklą, tais pačiais metais renovuota. 1956-2001m. Pernaravos vidurinė mokykla išleido 44 abiturientų laidas.
2013 m rugsėjo 1 d. po reorganizacijos Pernaravos pagrindinė mokykla prijungta prie Josvainių gimnazijos ir tapo Josvainių gimnazijos Pernaravos skyriumi, kuriame mokosi 82 mokiniai.
